Das ZAE Bayern führt Forschungsvorhaben in den Bereichen grundlagen- und anwendungsorientierter Energieforschung, Entwicklungs- und Demonstrationsprojekte, Aufgaben für Bund, Länder und Kommunen sowie
Auftragsforschung durch. Ein übergeordnetes Forschungsthema am ZAE Bayern ist die nachhaltige Energieversorgung für Industrie, Verkehr und Gebäude mit den Schwerpunkten Erneuerbare Energien, Energieeffizienz, Materialien und Methoden der Energietechnik.

Im Oktober 2011 veröffentlichtes das ZAE Bayern seine Forschungsstrategie, ediundsepp haben gestalterisch beraten, entworfen und realisiert.